Длина реки – 88 километров.
Площадь водосборного бассейна – 1960 кв. километров.
Исток реки расположен на Семинском перевале.
Ниже по течению Семы расположены знаменитые Семинские ванночки — это углубления, вода в которых быстро прогревается и долго сохраняет температуру. В летние дни здесь очень людно.
Река Сема, рождаясь на высоте 1700 метров, течет с юга на север, пересекая при этом весь Шебалинский район, а затем впадает в Катунь рядом с селом Усть-Сема. Семы имеет более 20 притоков, среди которых реки Верхний и Нижний Кумалыр, Шебелик, Седлушка, Куяхтанар, Арбайта и другие.
На всем протяжении течения реки вдоль нее тянется главная транспортная артерия Республики Алтай – Чуйский тракт. По берегам Семы находятся села Шебалино, Камлак, Черга, Актел. На 498 километре Чуйского тракта, в устье Семы, расположен оздоровительный лагерь «Орленок».
В долине Семы, близ села Камлак, находится Горно-Алтайский ботанический сад. Его площадь 11 га.
К Семе традиционно ежегодно съезжается большое количество любителей гребного слалома и рафтинга. Здесь тренируют спортсменов, а также проходят соревнования.