Кош-Агачский район находится на юго-востоке Республики Алтай. По площади Кош-Агачский район это самый большой район Республики Алтай. По численности населения район занимает третье место.
От столицы республики Кош-Агачский район отдален дальше всех. Чуйский тракт, главная транспортная артерия Горного Алтая, соединяющая Алтай с Монголией, пересекает Кош-Агачский район в его северной части.
Территориально Кош-Агачский район граничит с тремя странами — Монголией, Китаем и Казахстаном.
Природа Кош-Агачского района характеризуется своеобразными экзотическими ландшафтами, на это наложило свой отпечаток близость с соседней Монголией.
Территория Кош-Агачского района, в основном, это полупустынная равнина. Высота равнины около 2000 м. над уровнем моря. Равнина окружена горными хребтами. Также в районе встречаются сухостепные, тундровые ландшафты и тундро-степи. Лесные виды ландшафтов широко представлены в долине реки Джазатор. На северных склонах гор преобладают кедрово-лиственничные и елово-лиственничные леса, а вот на южных склонах — лиственничные леса паркового типа, которые растут до высоты 2400 м.
