Онгудайский район расположился в центре Республики Алтай. Он делит Горный Алтай на северную и южную части. Северная часть Республики Алтай наиболее обжита и освоена, а южная наоборот — сохранила в себе элементы загадочности и непознанного. Здесь пересеклись русская христианская и алтайская цивилизации. Попасть в Онгудайски район можно только по Чуйскому тракту. При движении от Бийска, на 232-м километре Чуйского тракта находится знаменитый Семинский перевал (1894 м). Он является границей между Шебалинским и Онгудайским районами. С Семинского перевала и берет начало Онгудайский район. Онгудайский район граничит практически со всеми районами Республики Алтай (исключения: Майминский и Турочакский районы).

Климатические условия в Онгудайском районе жестче, чем в Чемальском районе, но несколько мягче, чем в Кош-Агачском или Улаганском районах — климат здесь резко континентальный. Среднегодовая температура минус 1,1С.

По временам года: самый теплый месяц это июль с среднемесячной температурой +16,2, а самый холодный — январь, минус 22,1С. Абсолютные температурные максимумы и минимумы в Онгудайском районе: +32°С и -54°С.