Чойский район Республики Алтай расположен на севере Республик Алтай, в низкогорной зоне. Чойский район граничит: на западе с Майминским и Онгудайским районами, с Турочакским районом на востоке, на севере с Алтайским краем, на юге — с Улаганским районом. Чойский район малонаселен и при этом население проживает очень неравномерно.

В Чойском районе проходит водораздел между водными бассейнами Катуни и Бии. В долине реки Иша, протекающей по территории района, встречаются даже фламинго. Сам по себе горный хребет, который является водораздельным, невысок и покрыт тайгой.

Климат Чойского района резко континентальный. Температура в Чойском районе в среднем на 2С ниже, чем в столице республики — в Горно-Алтайске. Снежный покров зимой около 1 метра. Северная часть Чойского района покрыта черневой тайгой, которая затем сменяется кедровыми лесами, а еще выше появляются альпийские луга, а еще выше — снежники.

Самые высокие точки Чойского района гора Альбаган высота 2618 м. (хребет Иолго ) и г. Ямбаш высота 2516 м. (Сумультинский хребет).